Chilomastix mesnili ist ein nicht-pathogenes Mitglied der gastrointestinalen Mikroflora von Primaten, das üblicherweise mit parasitären Infektionen assoziiert wird, diese jedoch nicht verursacht. Es kommt bei etwa 3,5 % der Bevölkerung in den Vereinigten Staaten vor. Neben dem Menschen wird Chilomastix auch bei Schimpansen, Orang-Utans, Affen und Schweinen gefunden. Es lebt im Blinddarm und im Kolon. C. mesnili hat eine ähnliche Lebensweise wie Giardia lamblia.

Obwohl Chilomastix mesnili als nicht-pathogen gilt, tritt es häufig zusammen mit anderen parasitären Infektionen auf. C. mesnili kann während der Diagnostik mit anderen pathogenen Arten verwechselt werden. Dies kann zu einem falsch-positiven Ergebnis führen, was eine unnötige Behandlung zur Folge hätte, oder zu einem falsch-negativen Ergebnis, wodurch eine notwendige Behandlung unterbleiben könnte.