Citramalsäure ist ein Metabolit von Hefen oder anaeroben Bakterien, darunter Clostridien. Citramalsäure ist ein Analogon der Apfelsäure. Die Struktur der Citramalsäure ist der Struktur der Apfelsäure ähnlich, mit dem Unterschied, dass sie eine zusätzliche CH₃-Gruppe besitzt. Sie kann die Produktion von Apfelsäure hemmen. Dies ist bedenklich, da Apfelsäure extra-mitochondriale Funktionen hat, beispielsweise in der „Malat-Shuttle“ für den Transport reduzierender Äquivalente (Protonen) zu den Mitochondrien. Obwohl der Aspekt der metabolischen Interferenz ungewiss ist, weist das Vorhandensein von Citramalsäure im Urin auf eine intestinale Dysbiose hin.
Citramalsäure wird nicht in menschlichen Geweben gebildet und kann von anaeroben Bakterien wie Clostridien sowie von Hefen/Pilzen produziert werden. Citramalsäure ist ein Nebenprodukt von Saccharomyces-Hefespezies sowie von Propionibacterium acnes.