Entamoeba coli ist eine nicht-pathogene Spezies der Gattung Entamoeba, die häufig als kommensaler Parasit im menschlichen Gastrointestinaltrakt vorkommt. E. coli (nicht zu verwechseln mit dem Bakterium Escherichia coli) ist in der Medizin von Bedeutung, da es bei der mikroskopischen Untersuchung gefärbter Stuhlproben mit der pathogenen Entamoeba histolytica verwechselt werden kann.
Das Vorhandensein von E. coli stellt für sich genommen keinen Grund dar, eine Behandlung einzuleiten, da es als harmlos gilt. Wenn sich eine Person jedoch mit dieser gutartigen Entamoeba infiziert, können gleichzeitig auch andere pathogene Organismen übertragen worden sein, die eine Infektion oder Erkrankung verursachen können.