Methanproduzierende Bakterien wie Methanobrevibacter spp. und Methanobacteria gehören zur Familie der Euryarchaeota. Sie besitzen die Eigenschaft, primäre und sekundäre bakterielle Fermentationsprodukte wie Wasserstoff und Kohlendioxid in Methan umzuwandeln. Damit spielen sie eine wichtige Rolle bei der Optimierung der Energiebilanz. Eine Anhäufung von Wasserstoff im Darm verringert die Effizienz der mikrobiellen Gärung und die Energieausbeute. Methanogene Archaeen sind daher für den menschlichen Darm besonders wichtig, da sie entscheidend an der Entfernung überschüssigen Wasserstoffs beteiligt sind.
Methan hat eine hemmende Wirkung auf die Darmmotilität, was zu chronischer Obstipation führt. Darüber hinaus können diese Bakterien dendritische Zellen der Darmschleimhaut aktivieren und die Bildung von TNF-alpha sowie anderen proinflammatorischen Zytokinen induzieren.

Methanobrevibacter smithii
Die Darmflora wird von Bacteroidetes und Firmicutes dominiert. Methanobrevibacter smithii ist das am häufigsten vorkommende methanogene Archaeon in der menschlichen Darmflora und besitzt eine kokkobazilläre Form. M. smithii ist ein Mikroorganismus, der häufig im Darm und im Stuhl gesunder Menschen vorkommt und eine wichtige Rolle für eine effiziente Verdauung von Polysacchariden (komplexen Zuckern) spielt. M. smithii erreicht dies, indem es Wasserstoff mit Kohlendioxid zu Methan kombiniert und damit die Energiegewinnung aus Nährstoffen unterstützt. Methanproduzierende Mikroorganismen werden als Methanogene bezeichnet. Methanobrevibacter smithii kann bis zu 10 % aller anaeroben Bakterien (sauerstoffmeidende Bakterien) im Dickdarm ausmachen.